Die Rasse ist im Laufe der Jahrhunderte im Südtiroler Pustertal und seinen Seitentälern entstanden. Ihr guter Ruf gelangte seinerzeit sogar bis in die ehemalige Kaiserstadt Wien, wo sie auf den dortigen Abmelkbetrieben gerne für die Milch- und Fleischerzeugung gehalten wurde. Die damals in der Kaiserstadt aufblühende Tierzuchtwissenschaft bezeichnete die "Pustertaler" als die beste Rinderrasse der K+K-Monarchie. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurde der Rinderschlag in züchterische Bearbeitung genommen.

Der Name "Pustertaler" stammt vom Ursprungsgebiet, in welchem auch die Bezeichnung "Schecken" und "Sprinzen" geläufig waren und sind. Der Name Sprinzen wird auch in manchen Publikationen mit „t“ geschrieben (Sprintzen). Ihre besondere Farbkennzeichnung brachte der Rasse auch den Titel „Schönste Rinderrasse“.

Die beiden Weltkriege mit den neuen Rahmenbedingungen auf staatlicher wie auch administrativer Ebene setzten der Rasse stark zu. Anfang der 50er Jahre gab es noch 300 registrierte Kühe. Nur einige wenige passionierte Züchter verhinderten das Aussterben der Rasse.

Ende der 90er Jahre des vorigen Jahrtausends kamen die ersten Pustertaler nach Österreich. Seit 2000 gibt es auch ein Generhaltungsprogramm. Mit diesem Programm konnte eine wesentliche Basis geschaffen werden für die Erhaltung und Weiterentwicklung der Rasse. Heute gibt es Züchter in allen Bundesländern. Die Rasse wird über das Programm „Seltene Tierrassen“ als hoch gefährdete Rinderrasse gefördert. Die züchterische Betreuung für die Rasse läuft österreichweit über die Rinderzucht Tirol.